Sur le plan scientifique, la biodiversité déterminée par la richesse en espèce et leur fonctionnement est délicate à transposer. La biodiversité est en effet socialement construite, en fonction des pratiques et des représentations des habitants et elle est largement liée à la présence des espèces introduites. Le fonctionnement en communautés écologiques nouvelles de ces mélanges d’espèces spontanées et introduites reste à démontrer, et repose la définition même de la biodiversité urbaine, car le biologiste associe d’emblée à cette notion la notion d’espèces sauvages. Mais on ne peut pas faire abstraction des espèces « banales » des villes (escargots, chats, fourmis, rats…) qui ont un impact sur le fonctionnement écologique global.