Les modèles de comptabilité analytique qui viennent d'être étudiés sont actuellement en crise, et cette crise est due à deux évolutions récentes du monde économique :

En ce qui concerne ce dernier point, on notera que si le coût de revient peut être dans certains cas pertinent pour juger de la rentabilité du produit, par sa comparaison avec le prix de vente, ce ne peut être que pour des produits stabilisés, arrivés à maturité, et de durée de vie longue. Ce type de raisonnement n'est en revanche plus adapté à des productions à cycle de vie court, qui ont de plus en plus tendance à devenir la norme dans la vie industrielle présente.

En ce qui concerne le premier point, nous allons voir qu'il se traduit par une perte de pertinence des unités d'œuvre généralement utilisées pour ventiler les charges indirectes, et en tout premier lieu de l'heure de main d'œuvre directe, et par un moindre intérêt porté au calcul des coûts des produits, au bénéfice d'une analyse plus fine des coûts indirects.

Notons enfin également qu'on reproche aussi, à juste titre, à la comptabilité analytique tradition­nelle de ne pas mettre en évidence l'intérêt de réduire les stocks, et de ne pas faire apparaître "les coûts de non-qualité", invisibles mais élevés, qui correspondent aux dysfonctionne­ments divers : pannes, retouches, défauts non détectés au contrôle et ayant un effet sur l'image auprès des clients, attentes diverses lors de la production, délais de livraison dépassés, etc. Certains auteurs ont essayé de mettre au point une comptabilité analytique permettant d'évaluer ces coûts pour sensibiliser les acteurs dans l'entreprise à l'importance de ces coûts et à la nécessité de chercher à les réduire. Mais le problème posé par cette méthode, au delà de son intérêt incitatif, réside dans la difficulté de définir le fonctionnement normal de l'entreprise, par rapport auquel on évalue les coûts de dysfonctionnement.